2261年，沃隆人加入了影子戰爭，但當沃隆人開始摧毀他們認為是"；的整個行星時，他們的戰術成為聯盟關注的問題；影響"；由陰影。受這一事件的干擾，巴比倫5號招募了其他幾個強大而古老的種族（第一種族）加入他們的事業，對抗陰影和漩渦。約翰·謝里丹上尉在逃離Z’ha'dum后返回空間站，但代價是：除非生病或受傷，否則他只剩下20年的生命。他身邊有一個名叫Lorien的神秘外星人，他聲稱自己是銀河系中最古老的有情生物。在謝里登返回的幾個小時前，加里波第在相當可疑的情況下獲救并返回車站。他明顯比以前更加偏執和懷疑其他外星種族和謝里登。半人馬座皇帝卡塔吉亞與陰影建立了關系。Londo Mollari策劃了對Cartagia的暗殺，并否認了他與Shadows的協議。Londo殺死了Morden先生，并摧毀了基于Centauri家園的Shadow飛船，試圖拯救他的星球免受Vorlon的破壞。在其他古代種族和幾個年輕種族的幫助下，謝里登引誘沃隆和陰影進入一場巨大的戰斗，在這場戰斗中，沃隆和影子透露，他們一直是年輕種族的守護者，但由于哲學上的差異，最終將他們用作他們漫長戰爭中的棋子。年輕的種族拒絕了他們的持續干擾，沃隆和陰影，以及剩下的第一個種族，同意永遠離開銀河系。在影子黨被擊敗后，加里波第辭去了安全局長的職務，以"；信息提供者"； .他開始為火星大亨威廉·埃德加工作，后者嫁給了加里波第的舊愛。雖然他與Edgars的合作越來越密切，但他對Sheridan的攻擊性越來越強，最終離開了巴比倫5號。Minbar被戰士和宗教種姓之間的短暫內戰所困擾。德萊恩秘密會見了勇士種姓的尼祿，并說服他雙方都不能獲勝。她告訴他，她將接受一個儀式，在那里她愿意犧牲自己，但會在她真正死前停止儀式。當尼祿看到她真的打算完成整個儀式時，他救了她，并犧牲了自己，宣稱，雖然他生來就是戰士，但在他的心中，他是虔誠的。作為地球和巴比倫5號之間持續沖突的一部分，加里波底最終背叛了謝里丹，并安排抓捕他，以獲得埃德加的信任并了解他的計劃。加里波第后來得知，Edgars創造了一種只對心靈感應者有危險的病毒。據透露，加里波第實際上在第三季結束時被普西軍綁架，并被貝斯特重新編程，以便在正確的時間向他提供信息。Bester釋放了Garibaldi的程序，并允許他記住自被綁架以來所做的一切。Edgars被殺，他的妻子失蹤，但在戰爭結束后與Garibaldi團聚。加里波第幫助謝里丹重獲自由，并讓他重返解放地球的運動。由巴比倫5號領導的聯盟在一場短暫但血腥的戰爭中將地球從克拉克總統的極權統治中解放出來。這最終導致了克拉克的自殺和民主政府的恢復。火星被授予完全獨立，謝里登同意辭去他的職務。不結盟世界聯盟解散并改革為星際聯盟，謝里丹當選為其第一任總統，并繼續指揮游騎兵隊，游騎兵隊將充當銀河系相當于聯合國維和人員的角色。在季末，展示了未來100年、500年、1000年和100萬年的事件，描繪了巴比倫5號在歷史上的持久影響。所展示的事件包括2261年內戰的政治后果，隨后在公元2762年發生的涉及新極權政府的地球核戰爭，地球由此陷入前工業社會，人類太空旅行知識的喪失和恢復，以及人類最終進化為類似于沃隆的能源生物，之后地球的太陽變成新星。

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